Al crear un plugin o theme para wordpress podemos necesitar usar las cookies para persistir datos o estados a los usuarios y esto es algo muy común que incluso utiliza wp para mantener un login activo. 

Luego usamos la tabla de wp_options() para almacenar datos que luego podemos usar para mostrar al user o crear tablas especiales para el plugin. 

A Todo esto que sucede cuando un usuario elimina el plugin, podrían estos datos y tablas mantenerse para una futura reinstalación?

La mejor opcion es aceptar que el usuario ya no necesita el plugin y que tal vez no sea necesario volver a instalarlo. En este caso es necesario crear un mecanismo para eliminar todo el rastro dejado por el plugin evitando un mal uso de los recursos e incrementando el peso de site con datos que no están en uso. 

register_uninstall_hook(    __FILE__, 'do_stuff_uninstall' );

function do_stuff_uninstall() {
   // write your uninstall code
}

Este código debe ir en archivo de entrada del plugin y la función debe encargarse de eliminar todo el rastro de datos utilizados por el plugin y en mi opinión algo que no puede faltar a la hora de la creación de un theme o plugin.